Passou no Rio de Janeiro o Padre Nóbrega o restante de sua vida, que foram três anos, sempre com muito trabalho; porque como era muito doente e na terra nova, na qual não ousavam os moradores estender os domínios com medo dos inimigos, havia muita falta do necessário para o sustento corporal. Os maiores mimos que tinha eram algumas esmolas que lhe mandava o Superior de São Vicente. E assim quis Nosso Senhor, que aquele que andou com tanto zelo e cuidado ajuntando sustento para todos os Irmãos do Brasil, no final dele carecesse de tudo abraçado com a cruz da obediência, que ali o deixou em penúria corporal, porém cheio de consolações espirituais.
Sentindo ele muito antes que se lhe acabasse a vida, assim o escreveu a São Vicente. Quanto mais se lhe chegava o tempo de ir, mais se achegava a Deus, recolhendo-se com as meditações de Santo Agostinho e gastando boa parte do dia com colóquios e suspiros, porque era muito terno, devoto e fácil nas lágrimas. Dois ou três dias antes de seu falecimento, andou pela cidade se despedindo dos amigos e devotos da Companhia; sendo que lhe perguntavam eles aonde queria ir, pois não havia no porto embarcação. E Nóbrega então respondia: "À nossa pátria celestial."
Sobrevieram-lhe grandes dores e caiu de cama, onde esteve só um ou dois dias. Logo se preparou com os Sacramentos que em tal hora se costumam receber. Chamou um padre, pedindo-lhe muita pressa para o ungisse logo. Recebida a extrema unção, rogou a outro padre que rezasse uma missa, antes que ele expirasse.
E logo, lançando um pouco de sangue corrupto pela boca, deu seu espírito ao Senhor, em 18 de outubro de de 1570, dia de São Lucas,  o mesmo dia em que nasceu. Segundo afirmativa do padre José de Anchieta, foi neste dia também que Nóbrega entrou na Companhia, muito embora que, para fins biográficos,  se utilizem apenas os dados que constam no Colégio de Coimbra.
Foi a morte de Manoel da Nóbrega muito sentida porque ele era com pai de toda aquela nova cidade do Rio de Janeiro, em cujo colégio faleceu e na sua Igreja foi sepultado, entre as lágrimas de seus filhos e dos seus índios e portugueses que muito o amavam. (Cartas do Brasil/Cartas Jesuíticas I, Antonio Franco, edição USP, segundo escritos do padre José de Anchieta)

Encerra-se a obra da Companhia de Jesus - Em 1653 chegava ao Maranhão o Padre Antonio Vieira, que teria um papel importante na obra de catequese. Em pouco tempo, o jesuíta sentiu a situação em que viviam os indígenas, explorados pelos colonos e funcionários da coroa. Vieira voltaria no ano seguinte a Lisboa para obter a revogação de uma lei que permitia a escravização dos índios naquela região, retornando ao Brasil de posse do título de administrador-geral dos índios do Estado do Maranhão.
No período de 1655 a 1661, Vieira exerceu a sua atividade mais intensa no Brasil: catequizou pessoalmente os Nheegaíbas da ilha de Marajó; com a ajuda dos seus auxiliares atuou na região amazônica, subindo os rios Tocantins, Xingu e Tapajós, e depois veio descendo pelo sertão do Ceará até a serra do Ibiapaba. Com o objetivo de instruir os indígenas da região amazônica na doutrina cristã, Vieira compôs um catecismo em suas línguas. Intransigente defensor da liberdade dos nativos e não se conformando com a situação a que estavam submetidos, diversas vezes utilizou o púlpito como tribunas das suas idéias, em preciosos sermões que foram incorporados à literatura de língua portuguesa.
Mas, embora fosse homem de confiança do Rei D.João IV, Vieira não conseguiu dominar as campanhas que os colonos da região moveram contra ele. Representando, por sua oposição à escravização indígena, um grande empecilho aos ideais latifundiários de muitos portugueses, estes usavam de todos os meios para impedi-lo de prosseguir a sua obra.
Protestando sempre, conseguiram prender os padres , inclusive Antonio Vieira. De Belém, esses jesuítas foram remetidos para São Luís e daí para Lisboa.
Apesar de terem sido o alvo mais freqüente das queixas dos colonos, os jesuítas não foram os únicos religiosos a entregar-se à missão de pregar o Evangelho à gente da terra. Nos séculos XVI e XVII chegaram ao Brasil missionários que pertenciam às mais diversas ordens existentes na Europa. Os Franciscanos em 1503. Os Carmelitas em 1580. Os Beneditinos em 1584. Os Mercedários em 1567.
O trabalho dos missionários encontraria, a partir de 1750, um inimigo implacável: Sebastião José de Carvalho e Melo, Conde de Oeiras e Marquês de Pombal. Homem de forte personalidade, Pombal conseguiria dominar todo o período de governo do Rei D. José I, de 1750 a 1777 e através de um breve em forma de bula- ‘’Dominus Ac Redemptor Noster’’ -, emitido por Clemente XIV a 23 de julho de 1773, conseguiu finalmente o seu objetivo: a extinção da Companhia de Jesus.

O custo da educação - A princípio, a manutenção das escolas no Brasil estava a cargo da própria Companhia de Jesus, ao contrário do que acontecia em Portugal, onde a Coroa destinava recursos para o amparo dessas instituições. Baseado nisso, o padre Manuel da Nóbrega, assim que pôs os pés em terras americanas, fez uma requisição na qual propunha o estabelecimento de propriedades territoriais para as escolas. O interesse pela propriedade, no entanto, começou a preocupar a Coroa. Ao subir ao trono de Portugal, D. Sebastião estudou um meio de acabar com isso sem magoar o clero, instituindo uma taxa especial para a Companhia de Jesus, chamada redízima, que era descontada sobre todos os direitos e dízimos da própria Coroa. Os recursos chegaram depois que o voto de pobreza dos jesuítas foi reafirmado por uma determinação oficial, em 1556. Com o apoio financeiro cresceram e multiplicaram-se as escolas e as casas missionárias no Brasil. Entre as mais importantes estão o próprio Colégio da Bahia, fundado por Manuel da Nóbrega, e o Colégio de São Vicente, fundado por Leonardo Nunes, que também chegou ao Brasil com a expedição de Tomé de Sousa, o primeiro governador-geral. Além desses foram fundados os de São Paulo (1554), Rio de Janeiro (1568), Olinda (1576), Ilhéus (1604), Recife (1655), São Luís, Paraíba, Santos, Belém, Alcântara (1716), Vigia (1731), Paranaguá (1738) e Desterro (1750).

http://portal.com.pt/brasil/500/500-9.htm
© PNN Portuguese News Network™. Todos os direitos reservados